Чингис хаан анх 1206 онд Их Монгол Улсыг байгуулаад хоёрдугаар хүү Цагаадайдаа дөрвөн мянган өрх хуваан өгчээ. Хожим нь дахиад 1225 онд дөрвөн хөвүүндээ нутаг хувиарлан өгөхдөө, Цагаадайд Уйгарын орноос Аму мөрөн хүртэлх өргөн уудам нутгийг хувь улс болгон өгчээ. Чингис хаанаас Цагаадайд хувилан өгсөн тэр газар нутаг дээр үндэслэн Цагаадай хант улс бүрэлдэн тогтсон байна.
Цагаадайн хант улс хүчирхэг байх үедээ зүүн зүг Турфан, баруун зүг Аму мөрөн, умар зүг Тарвагатай, өмнө зүг Энэтхэгийн уулсыг давж байжээ.
Түүний нутаг дэвсгэрт одоогийн Дорнод Туркестан /Синьцзян/, Казахын зүүн өмнөд хэсэг, Хорезм, Мавереннахр, Афйганистан, Балх зэрэг нутаг багтаж байв. Цагаадайн орд 1223 оны орчим Ил мөрний өмнө талд байрлаж байжээ.
Цагаадай том тулалдаанд цэрэг удирдаж сурсан туршлагатай жанжин байв. Тэрээр 1221-1222 онд өөрийн биеэр цэрэг удирдан Дундад Ази, Энэтхэгт очиж байжээ. 1228 онд Өгэдэйг Чингис хааны гэрээс ёсоор хаан ширээнд суулгахад гол зөвлөгч нь байв. “Сударын чуулган”-д өгүүлснээр “хаан үргэлж элч илгээж аливаа чухал учрыг Цагаадайтай зөвлөдөг байв. Цагаадайн санал зөвлөлгөөнгүйгээр бол чухал хэргийг таслахгүй байв”1 гэжээ. Үүнээс үзэхэд Цагаадай Монголын төрд ихээхэн нөлөө бүхий байсан нь тодорхой байна. 1 Рашид-ад-Дин, Сударын чуулган. II боть, 176-р тал.
Цагаадайн улсын Уйгарын хотуудыг өрнө дорныг холбосон худалдааны зам дайран гарч байлаа. Монголчууд Дундад Азийг эзлэн дагуулахаас өмнө тэндэхийн улсыг бараг бүхэлд нь Хорезмын хант улс буюу Сартул иргэн гэж нэрлэдэг байлаа.
1242 онд Цагаадай хан нас барж, түүний ач хүү Хар Хулугу Цагаадайн хант улсын эзэн болжээ. 1246 онд Гүюг хаан сауугаад Хар Хулугуг Цагаадайн ач хүү тул хан суухад зохисгүй хэмээн шалтаглаж, Цагаадайн тавдугаар хүү Есөнмөнхтэй харилцаа сайтай байсан тул хан суулгажээ. Мөнхийг хаан болох үед Есөнмөнх эсэргүүцсэн тул түүнийг хан ширээнээс нь буулгаж, Хар Хулугуг дахин Цагаадайн хант улсын эзэн болгожээ. Гэвч тэр өвчний учир зуурдаар нас барсан байна.
Ерөөс Мөнхийг хаан суухад Өгэдэй, Цагаадайн угсааны ноёд эсэргүүцэн тэмцсэн учир Мөнх хаан Батын тусламжтайгаар тэдний ихэнхийг барьж цаазаар аваачсан ажээ. Үүний үр дүнд Цагаадайн улсын үндсэн нутаг Мавереннахр Алтан ордоны улсын мэдэлд шилжжээ. Цагаадайн улс нэгэн үе ихэд суларч бараг мөхөх тийш хандаж байжээ.
1260 онд Хубилай хаан суугаад Дундад Азийг эрхшээлдээ авахын тулд түүнийг дагаж байсан Цагаадайн ач хүү Абишигийг Цагаадайн хант улсад явуулж, эзэн болгохыг оролджээ. Гэтэл Аригбух Цагаадайн ач хүү Алугаг Алмаликт явуулж, Цагаадайн хант улсыг захируулжээ. Алугу хаан болоод Мавереннахраас Алтан ордоны цэрэг, түшмэдийг хөөн гаргаж, өөрийн улсын эрх засгийг сэргээж явуулсан байна. Алуга 15000 цэрэгтэй байсан бөгөөд Самарканд, Бухар зэрэг Мавереннахрын томхон хот суурин газруудыг эргүүлж авмагц урьд Алтан ордоны хаан, ноёдтой холбоо барьж туслан байсан хүмүүсийн эзэмшил газрыг хураан аваад Мавереннахраас татсан алба татвараар засаг захиргааны зардал, цэргийн хэрэглэлийн ихэнхи хэсгийг хангаж байжээ. Цагаадайн улсын дотор Мавереннахрын ач холбогдол өдөр ирэх тусам улам их болж байв.
Цагаадайн хаант улс чухамдаа Цагаадай ханыг 1242 онд нас барснаас нэлээд хойно байгуулагдсан. Тэгэхдээ Цагаадайн улс хэмээн түүхэнд алдаршсан талаар эрдэмтэд бараг санал нэгтэй байна. Харин Цагаадайн хант улсыг чухам хэн хэдийд байгуулсан талаар санал зөрөөтэй байдаг юм.
Олонхи монгол ноёд лалын шашин, Араб, Перс зүгийн соёлыг үл тоомсорлон дайсагнаж үздэг байжээ. Харин Мубарек шах, Борак хан нарын зэрэг хан хөвгүүд лалын шашныг талархан шүтэх болсон ажээ. 1266 онд Мубарек шак Цагаадайн улсын хан ширээнд суухдаа бүх ёслол сэлтийг Мавереннахрын газар очиж үйлдсэн байна. Мубарек шахын хамт, жалайр, барлас мэтийн зарим монгол аймаг Мавереннахрт нүүн очиж идээшин суужээ. Цагаадайн үед Барлас, Жалайр, Арлуад зэрэг монгол аймгууд байв.
Долоон усанд нутаглан суусан бөгөөд Мавереннахрт шилжиж очих үедээ хэл ярианы хувьд нэлээд хэмжээгээр түрэгжсэн байжээ. Ингэж олон монгол аймаг харь оронд цацагдан гарч, бусад аймааг угсаатны дунд уусан шингэж байсан байна.
Долоон усны газар үлдсэн монголчууд болон Мавереннахрт ирсэн жалайр, барлас нарын хоорондын ялгаа улам их болж ноцтой зөрчил гарчээ. Энэ хоёр хэсгийн хоорондын тэмцэл явсаар XIV зууны үед Цагаадайн улсыг Мавереннахр, Могулистан гэдэг хоёр хэсэг болж хуваагдахад хүргэсэн юм. Цагаадайн улс ийнхүү хоёр хуваагдаж тэдгээрийн хил Балхаш нуураар зааглаж байжээ. Могулистан хэмээх Дорнод хэсэгтээ Цагаадайн удмынхан эрх мэдлээ хадгалан үлджээ. Энд нүүдэлчин монголчууд давамгайлж, нутгийн хүн амыг “Могол” гэж нэрлэх болсон байна. Моголистаны хаадаас Түглуктөмөр хан /1348-1369/ Түрэгийн хаадыг эрхэндээ оруулсан боловч түүнийг нас барсны дараахан Мавереннахра Кучи хүртэлх газар, Долоон ус, Иссык куль нуураас өмнөх хэсэг оржээ. Цагаадай улс XIII зууны хориод оноос XIV зууны дунд үеийг хүртэл 100 гаруй жил бие даан оршин тогтножээ. Могулистаны хаадын дотор Цагаадайн удмынхан голлож байсан ажээ. Могулистан гэдэг нэрийг урт удаан хугацааны туршид хэрэглэж байсан бөгөөд 1526 онд эхийн талаасаа Чингис хааны удмын Бабур хан Энэтхэгийг эзэлж авснаар Энэтхэгт “Моголын хант улс” байгуулагдан түүхэнд алдаршсан юм.